Elbegdorj được bầu vào Nghị viên tới bốn lần, vào các năm 1990, 1992, 1996 và 2008. Ông liên quan đến việc biên soạn và thông qua hiến pháp mới của Mông Cổ, trong đó đưa đến nhân quyền, dân chủ và một nền kinh tế thị trường tự do cho đất nước. Ông đã hỗ trợ việc tư hữu hóa ngành chăn nuôi, tài sản nhà nước, và (không thành công) đất đai.

Trong khi làm Chủ tịch Ủy ban Nhà nước về Phục hồi, Elbegdorj đã bắt đầu thực hiện việc xin lỗi cấp quốc gia đối với các nạn nhân và gia đình của khoảng 36.000 người.[10] Những người đã bị ngược đãi hay thảm sát tập thể trong thời kỳ cộng sản. Ông giữ vai trò người quyết định trong việc phê chuẩn các Luật Phục hồi, theo đó đưa ra sự phục hồi, đền bù cho những người còn sống sót và gia đình của các nạn nhân chính trị, phục hồi các hậu quả của các cuộc thanh trừng theo chủ nghĩa Stalin và ngăn cấm các vi phạm nhân quyền trong tương lai. Thêm vào đó, luật lập ra một Ngày Tưởng nhớ cho các Tù nhân Chính trị.

Elbegdorj, với vai trò là chủ tịch Đảng Dân chủ, đồng lãnh đạo của Liên hiệp Liên minh Dân chủ đã giành được chiến thắng lịch sử trong cuộc bầu cử Nghị viện năm 1996. Ông cũng là Lãnh đạo chính của Nghị viện từ năm 1996 tới 2000 và giữ vai trò Phó chủ tịch Nghị viện từ năm 1996 tới 1998.

Ông từng hai lần giữ chức Thủ tưởng Mông Cổ vào năm 1998 và 2004-2006.

Nhiệm kì đầu trong vai trò thủ tướng

Năm 1998, một điều khoản trong Hiến pháp đã xóa bỏ việc ngăn cấm thành viên nghị viện giữ các vị trí trong chính phủ. Theo đó ngày 23 tháng 4 năm 1998, Nghị viện đã bầu (61-6) Elbegdorj giữ chức Thủ tướng.[11] Trong nhiệm kì của mình, ông đã đi những bước quyết định trong việc giải quyết các vấn đề kinh tế, chính trị,cấu trúc và xã hội cấp bách của đất nước và kiên quyết tiếp tục chính sách đối ngoại mở cửa của mình. Một số hành động có thể kể đến như: Elbegdorj đã đồng khởi xướng Luật Tự do Báo chí và ông giữ vai trò quyết định trong việc thông qua luật vào năm 1998. Dựa trên luật này, các luật khác đã được thông qua kéo theo việc biến tất cả các nhật báo hàng ngày của nhà nước thành các tờ báo công cộng mà không có sự kiểm soát trực tiếp và kiểm duyệt từ phía chính quyền.

Thành tựu có ý nghĩa nhất của Elbegdorj trong nhiệm kỳ thủ tướng đầu tiên của ông là thu thuế và thiết lập thuế thu nhập. Nguồn thuế lớn nhất và cũng là nguồn thu đáng kể duy nhất cho ngân sách nhà nước vào thời điểm đó là Công ty Khai mỏ Erdenet chuyên về khai mỏ và chế biến quặng đồng – một công ty cổ phần do chính phủ Mông Cổ và Nga sở hữu. Công ty đã không trả thuế, thu nhập và tiền khai thác cho chính phủ Mông Cổ trong năm 1997-1998 và điều này đã dẫn đến việc chính phủ sụp đổ về tài chính.

Bởi điều này, Thủ tướng trước đó là Enkhsaikhan đã rời khỏi chức vụ trước sức ép của đảng đối lập, Đảng Nhân dân Cách mạng Mông Cổ. Sau khi trở thành thủ tướng, Elbegdorj đã ra lệnh kiểm toán Công ty khai mỏ Erdenet. Kết quả kiểm toán cho thấy lợi tức mà nhà nước phải được hưởng đã không được đưa vào ngân khố nhà nước, thay vào đó nó đã đi vào các tài khoản không minh bạch của các người quản lý của công ty. Vụ tham nhũng này được thể hiện chi tiết trong chuỗi phóng sự điều tra "Lừa đảo thế kỷ" trên truyền hình Đại Bàng.[12] Elbegdorj đã sa thải chủ tịch công ty mỏ. Và từ đó, chính phủ lại tiếp tục nhận được thuế, tiến khai mỏ và thuế thu nhập của công ty mỏ Erdenet.

Thêm vào đó, với sự khuyến nghị của các thể chế tài chính quốc tế như Quỹ Tiền tệ Quốc tế và Ngân hàng Thế giới - các nhà tài trợ cho Mông Cổ, và khoản cho vay với lãi suất chiết khấu của Ngân hàng Phát triển châu Á, Elbegdorj đã quyết định bán Ngân hàng Tái thiết thuộc sở hữu nhà nước mà trước đó đã trở nên mất thanh khoản và gặp phải thua lỗ khổng lồ, gánh nặng tài chính lớn nhất cho kinh tế đất nước từ khi nó được thành lập vào năm 1997.[13] Vào lúc đó, Ngân hàng Golomt là một trong số ít các ngân hàng thương mại tư nhân tại Mông Cổ và đây là ngân hàng duy nhất trả giá cho Ngân hàng Tái thiết.

Để đáp lại việc này và việc thay đổi chủ tịch công ty khai mỏ Erdenet, nhóm thiểu số trong Nghị viện đã yêu cầu Elbegdorj từ chức và kết quả là Elbegdorj đã thất bại trong cuộc bỏ phiếu bất tín nhiệm tại Nghị viện. Nghị viện đã ngăn cản chính phủ của Elbegdorj bán ngân hàng. Tuy nhiên ngân hàng đã vỡ nợ không lâu sau nhiệm kỳ đầu làm thủ tướng của Elbegdorj và sự phá sản này đã khiến chính phủ phải chịu sự tổn thất nặng nề về tài chính.

Ông giữ chức vụ cho đến ngày 9 tháng 12, bởi có sự bất đồng tại Nghị viện về việc bổ nhiệm người vào vị trí thủ tướng mới, cũng như việc tổng thống phủ quyết đề xuất của Đảng Dân chủ chiếm đa số. Cuối cùng, vào tháng 12 Tổng thống đã đồng ý đề xuất của Nghị viện đối với việc Janlavyn Narantsatsralt, nguyên Thị trưởng Ulaanbaatar giữ vai trò thủ tướng.

Nhiệm kỳ thủ tướng thứ hai

Elbegdorj đi xuống từ đài kỉ niệm Thành Cát Tư Hãn để chào người dân Mông Cổ sau chiến thắng trong cuộc bầu cử tổng thống, 25 tháng 5 năm 2009.

Vào ngày 20 tháng 8 năm 2004, Elbegdorj lần thứ hai được bổ nhiệm giữ chức Thủ tướng Mông Cổ, mặc dù khi đó ông không phải là thành viên của Nghị viện. Vào thời điểm này ông là người đứng đầu chính phủ đại liên minh sau cuộc bầu cử Nghị viện với kết quả là số ghế cân bằng giữa hai lực lượng chính trị chính là - Liên minh Dân chủ và Đảng Nhân dân Cách mạng Mông Cổ.

Trong nhiệm kì thủ tướng thứ hai của mình, Elbegdorj đã tuyên bố chiến đấu chống lại tham nhũng và nghèo đói, mà ông xem như những thách thức lớn nhất đối với việc phát triển kinh tế Mông Cổ.

Bên cạnh đó Elbegdorj đã khởi xướng một dự án môi trường "Bức tường Xanh" để phát triển cây xanh tại các khu vực cằn cỗi và vùng sa mạc để ngăn chặn các cơn bão bụi từ Mông Cổ bay sang các nước lân cận và làm giảm ô nhiễm không khí.

Trong nhiệm kì của ông, vào ngày 27 tháng 1 năm 2005, Đài Phát thanh và Truyền hình Nhà nước Quốc gia đã hình thức chuyển đổi thành các tổ chức độc lập với sự kiểm soát ngày càng nhỏ hơn của chính phủ.[14] Cũng như vậy, điều khoản pháp lý về việc ngăn cấm biểu tình tại quảng trường Sükhbaatar ở trung tâm thủ đô Ulaanbaatar đã bị hủy bỏ.[15] Ông đã trợ cấp và hỗ trợ các trường học kĩ thuật và chuyên nghiệp khác để giảm bớt nạn thất nghiệp. Để thúc đẩy việc sử dụng máy tính và mạng Internet, ông đã thành lập Cơ quan Thông tin và Truyền thông chịu sự quản lý của chính phủ. Ông cũng đã cố gắng củng cố các doanh nghiệp trong nước bằng việc giảm các chi phí hành chính, loại bỏ các quy định phi lý, nhiều thủ tục, và tăng thuế nhập khẩu với các mặt hàng sản xuất chủ chốt.[16] Với sự kiên quyết của chính quyền do ông lãnh đạo, tiếng Anh đã thay thế tiếng Nga trở thành ngoại ngữ thứ nhất được dạy trong các trường công.

Elbegdorj đã khởi đầu việc xây dựng công trình kỉ niệm phức hợp Thành Cát Tư Hãn trước cửa tòa nhà chính phủ Mông Cổ. Ông cũng đề nghị di chuyển thủ đô Mông Cổ tới Kharhorin, một đô thị nhỏ cách 400 km về phía tây của Ulaanbaatar, tức địa điểm kinh đô trước đây (trước những năm 1260) của Đế quốc Mông Cổ.

Tháng 8 năm 2005, Elbegdorj đã bày tỏ việc mong muốn chạy đua trong cuộc bầu cử phụ tại quận Bayangol của Ulaanbaatar. Tuy nhiên, Đảng NDCM đã đe dọa sẽ rời bỏ liên minh nếu Elbegdorj chạy đua với ứng cử viên của họ là M. Ekhbold, và kết quả là Elbegdorj đã rút lui.[17] Vào ngày 13 tháng 1 năm 2006, Đảng Nhân dân Cách mạng Mông Cổ đã rời bỏ liên minh, và Elbegdorj bắt buộc phải từ chức. Đảng NDCM tiến đến thành lập một chính phủ mới với sự trợ giúp của những nghị viên li khai khỏi Đảng Dân chủ và các nghị viên độc lập, thủ tướng mới là M. Enkhbold.[18]

Quan hệ quốc tế

Elbegdorj và Tổng thống Nga Dmitry Medvedev tại Ulaanbaatar trong chuyến thăm cấp nhà nước tới Mông Cổ vào ngày 25 tháng 8 năm 2009.

Trong nhiệm kì Elbegdorj giữa chức thủ tướng, George W. Bush đã trở thành vị Tổng thống Mỹ đương nhiệm đầu tiên đến thăm Mông Cổ.[19] Ông viếng thăm Mông Cổ nhằm ghi nhận các đóng góp của Mông Cổ trong các hoạt động do Hoa Kỳ lãnh đạo tại Iraq.

Cũng trong nhiệm kì của Elbegdorj, Mông Cổ đã đồng ý gia nhập hệ thống Ưu tiên Phổ cập của Liên minh châu Âu [20] điều này cho phép các ông ty xuất khẩu của Mông Cổ phải trả ít thuế nhập khẩu hơn khi xuất khẩu sang EU.

Bầu cử 2008 và náo động chính trị

Sau khi đảng của ông thất bại trong cuộc bầu cử nghị viện vào ngày 29 tháng 6 năm 2008, Elbegdorj trong vai trò là chủ tịch đảng Dân chủ là một trong những người kêu gọi biểu tình mạnh mẽ nhất chống lại điều mà ông cho là sai luật. Tuy vậy các nhà quan sát quốc tế đã ghị nhận cuộc bầu cử này hầu hết là tự do và công bằng.[21][22] Đảng Nhân dân Cách mạng Mông Cổ và một số phương tiện truyền thông buộc tội ông xúi giục cuộc nổi loạn vào ngày 1 tháng 7 năm 2008, trong đó trụ sở của Đảng NDCM Mông Cổ đã bị đốt còn Cung Văn hóa Trung ương đã bị hư hại và cướp phá,[23][24] một cáo buộc mà Elbegdorj đã phủ nhận. Thay vào đó, ông cáo buộc Đảng NDCM Mông Cổ đã gây ra cái chết của năm người trong các cuộc bạo loạn [25]). Trong một cuộc phỏng vấn vào ngày 3 tháng 7, Elbegdorj đã tuyên bố rằng sự không hoạt động của Đảng NDCM Mông Cổ đã khuyến khích những người bạo loạn và rằng Đảng NDCM Mông Cổ đã sử dụng phương cách độc tài.[26][27]

Vào ngày 2 tháng 9 năm 2008, Elbegdorj đã từ chức người đứng đầu Đảng Dân chủ sau thất bại của đảng trong cuộc bầu cử 2008. N. Altankhuyag được chọn trở thành người đứng đầu của đảng, và đảng Dân chủ sau đó đã gia nhập chính phủ liên minh với Đảng NDCM Mông Cổ. Vào ngày 12 tháng 9, Elbegdorj trở thành đại biểu duy nhất trong Nghị viện đã bỏ phiếu chống lại việc S. Bayar trở thành thủ tướng mới của Mông Cổ.[28]

Bầu cử tổng thống 2009

Kết quả bầu cử sơ bộ
Các khu vực màu xanh: Elbegdorj
Các khu vực màu đỏ: Enkhbayar

Tại hội nghị của Đảng Dân chủ vào ngày 3 tháng 4 năm 2009, Elbegdorj đã được lựa chọn để trở thành ứng cử viên tổng thống của đảng. Ông nhận được 63,5% số phiếu, đánh bại Erdeniin Bat-Üül. Sau khi Elbegdorj tuyên bố ứng cử, Đảng Ý chí Công dân và Đảng Xanh Mông Cổ đã cam kết sự ủng hộ của họ dành cho ông.[29] Elbegdorj thắng cử với 51,21% số phiếu trong khi đối thủ là Enkhbayar giành được 47,41% số phiếu, trong đó hầu hết là tại các vùng nông thôn.

Tổng thống

Elbegdorj trong quốc phục Mông Cổ với Ngoại trưởng Hoa Kỳ Kerry, tháng 6 năm 2016

Không lâu sau khi nhậm chức, ông đã bắt đầu cho thi hành Luật Ân xá, chủ yếu liên quan đến việc trả tự do cho 300 tù nhân bị kết án sau ngày nổi loạn 1 tháng 7 năm 2008. Cuối năm 2009, Tổng thống đã phủ quyết dự luật ngân sách quốc gia trong đó cấp một tỉ tugrik cho mỗi thành viên nghị viện (tổng cộng là 76.000.000.000) để đầu tư cho các khu vực bầu cử của họ.

Vào ngày 14 tháng 1 năm 2010, Elbegdorj đã tuyên bố ông, từ nay về sau, sẽ sử dụng có hệ thống đặc quyền của mình to để tha cho tất cả mọi người bị kết án tử hình. Ông phát biểu rằng hầu hết quốc gia trên thế giới đã bỏ án tử hình, và rằng Mông Cổ cần đi theo tấm gương của họ; ông đề nghị rằng có thể thay thế án tử hình bằng hình phạt 30 năm tù. Quyết định này còn gây tranh cãi và khi Elbegdorj tuyên bố điều trên tại Đại Khural Quốc gia (tức Nghị viện), các đại diện của đảng NDCM Mông Cổ [30] đã không vỗ tay như thông thường sau mỗi bài phát biểu của tổng thống.[31]